Posts by Year
2025
slurmにおけるstep jobの実行方法
SlurmのステップジョブはジョブAの完了をトリガーにジョブBを実行する方法で，sbatch -d singletonオプションを使用して実現する．これにより依存関係を持つジョブを効率的に管理できる．
2024
論文投稿時のLaTeXテンプレートリンク集
論文を書く時，投稿先のテンプレートに合わせてLaTeX原稿を作るのが通常のやり方だと思う．そこで，投稿したことのある，または今後投稿する可能性がある雑誌のテンプレートへのリンクページをまとめ，今後の参考にする．ちなみにこれらのテンプレートは優れたものが多いので，自分でノートを作る時にも便利だと思う．
LaTexにおけるNose Hooverサーモスタット
論文を書いていて知った小ネタ．Nose HooverサーモスタットのNoseには，厳密にはeの上にプライムがついたNosé–Hooverが正しい．LaTexでこれを表示するには，
LinuxサーバーにおけるIPアドレスの確認方法
サーバーを管理していてネットワーク周りの問題が発生した場合には初期的なチェックとしてIPアドレスの確認を行うことがある．今回はIPの確認に使えるコマンドをいくつかピックアップした．
Deepmd installation with AMD ZEN on Linux
今回はAMD CPU用に最適化されたTensorflowと，それを用いたdeepmdのinstallを行う．この場合は当然ながらcondaなどのパッケージマネージャは利用できず，全て手で入れる必要がある．
latexで外部ファイルから表を作成する方法
latexで外部ファイルから表を作成する方法を紹介する．グラフの場合，tikzやpgfplotでは外部ファイルからデータを読み込むことが可能だが，表（table）の場合には意外とわからない．
ipad proをモニターアームに接続する
先日のマイクとカメラに引き続き，今度はipadをモニターアームに設置した．既存の製品としてはタブレットを掴むようにして設置するタブレットアームが様々発売されているが，今回はMagFlottから出ているマグネット式のvesa mountを購入した．私はipad pro 11インチを4枚目のモニターとしてカレンダーな...
2023
デスクのマイクとカメラのセッティング
今までデスクに直置きしていてずっと邪魔だと感じていたマイクとカメラをデスクの奥にクランプで設置した．27インチのトリプルディスプレイ環境でどういう商品を選べばよいか少し難儀したので，一例として紹介しようと思う．この環境の問題は，デスク前面がディスプレイに覆われているのでマイクやカメラを設置するスペースが限られてい...
論文のcover letterとresponse to referee commentsをLaTeXで書く
論文のcover letterとresponse to referee comments
パスポート更新手順の備忘録
パスポートを更新してきたので，手続きの個人的備忘録．
aspell+emacsでTeX文書の英語スペルチェック
以前にaspellを利用したTeX文書のスペルチェックの方法についての記事を書いたが，今回はそのスペルチェックをemacs上から実行する方法についてまとめる．方法はいくつかあるが，基本的な精神はemacsから外部のaspellなどのスペルチェックプログラムを参照してくれるというもので，emacs自体になにかスペル...
ジョブ管理システムでconda/pyenvなどのpython仮想環境を利用する方法
slurmなどのジョブ管理システムでpythonの仮想環境を読み込む方法について，condaとvenvの場合についてまとめた．今までログインシェルで仮想環境を起動した状態でジョブを投入していたのだが，やはりジョブスクリプトですべて完結しているのが望ましいと思う．
matplotlibの散布図やヒストグラムで，legendを見やすくする方法
matplotlibで散布図やヒストグラムなどを作成していると，みやすさの観点で図中の点は透明度や点の大きさをいじりたい場合が出てくる．しかしながら，点を非常に小さくした場合，凡例の点まで一緒に小さくなってしまい，これでは見にくい，ということがある．そこで凡例のいじり方を調べたので今日はそれを紹介する．
tex pgfplotsでの凡例の指定方法について簡単に紹介
pgfplotsで凡例の設定を行う際に個人的頻出の項目を簡単に紹介する．より詳しい説明は公式ドキュメントも参照のこと．
pgfplotでの散布図
pgfplotでの散布図の書き方の備忘録．ただし，試してみたところ点の数が増えてくるとタイプセットに極端に時間がかかる上，メモリの問題で動かなくなることもあるので，点が多い場合には他のツールを使った方が良い．データ点があまり多くない場合には有用なツールだ．
texのダミーテキスト，lipsum
texでのダミーテキストにはlipsumパッケージが利用できる．これはよく用いられるダミーテキストLorem ipsumを出力できるもの．
旅行や出張のためのアイテム
今年は結構出張が復活してきたので，自分の頭の整理をかねて旅行用のアイテムの整理をやっておく．登山が趣味なこともあり，そっちから色々流用している．個別の製品のレビューも気に入っているものについてはそのうちやりたい．
aspellでTeX文書のスペルチェック
TeX文書のスペルチェックにはいくつかの方法がある．ひとつが今日紹介するコマンドラインからispellやaspellを用いる方法，そしてもう一つがflyspellに代表されるようにエディターでオンザフライでやる方法だ．後者の方法もスペルチェックのエンジンとしてはispell/aspellを利用していることが多い．...
matplotlibで作ったグラフをtikz(tex)で出力する
matplotlibで作成したグラフを，tikzファイルに変換することができるtikzplotlibライブラリの使い方．pypiのページはこちら．
vscodeでC++及びcmakeを使った開発環境を整備する
vscodeでC++のコーディングを行うためにやっておくと便利な環境整備について紹介する．現代的なエディターに期待する機能としてはシンタックスハイライティング，コンパイル，デバックが挙げられ，vscodeは拡張機能を使っていずれも利用可能だ．今日の記事では以下の点を紹介する．
nglviewで得た構造の画像を保存する
python+jupyter notebookで使える強力な原子構造の描画ツールnglviewを使っていて，えられた画像を保存したいということがあった．この場合に使える手法について調べた．
youtube-dlでzoomの動画をダウンロードする
cliの動画ダウンロードツールyoutube-dlは種々のサイトの動画DLに使えて重宝するが，今回はzoomの動画をDLする方法について調べたのでまとめる．開発者ツールを使って必要な情報を取得するというよくあるテクニックを用いることで簡単にできる．動画にパスワードがかかっていても問題ない．
m1 macのpytorchでGPUを利用する
pytorchはバージョン2.0でApple siliconのGPUに対応した．macのOSがMacOS 12.3以上である必要がある．今回は実際にGPUでの学習を試す．
pytorchをC++から使う（libtorch）：環境設定
pythonで機械学習を行うpytorchやtensorflowは，C++からも利用できる．今回はpytorchに的を絞ってC++で使うための環境構築を行う．pythonの場合はcondaで簡単にインストールできるが，C++版は少し大変だったのでその辺をメモしておきたい．今回の設定はm1 mac，intel ma...
jupyterで作った図表を管理する方法を考える
最近pythonでコードを書くことが増えた．特にメインの計算はc++で実行し，その解析をjupyterでやるようなことが多い．jupyterは簡単に可視化できることや試行錯誤しやすいのが強みで計算結果の解析にはもってこいだと感じている．一方でgitで管理しにくいのがいちばんの問題だ．加えて試行錯誤がしやすいがゆえ...
デスクのセッティング
最近Eizoから新しくでたディスプレイEV 2740Xを購入し，自宅のデスクがトリプルディスプレイ環境になった．こうなると自宅の方が作業が捗るということで，世間と逆行して引きこもり傾向が強まっている．この流れで最近デスク環境の整備を行ったので，一旦今までのところをまとめておくことにした．モニターが三枚あるとスペー...
pythonのmatplotlibでグラフを作るいくつかのサンプル
最近機械学習を扱うようになって，pythonを使ってデータ処理を行うことが増えてきました．今まではグラフを作成する際に，latexのpgfplotかgnuplotを使うことが多かったのですが，pythonだとmatplotlibを使ってそこそこ高品位なグラフを作ることができるということで，身内の発表程度だったら良...
pythonでmdtrajからaseへ変換する方法
pythonで分子動力学法のトラジェクトリを扱うさい，よく知られたパッケージとしてmdtrajとaseがある．今回はmdtrajで得た構造をaseに変換する必要があったので，やり方について自分用にメモしておく．
docuteを利用したLaTeXの分割コンパイル
/etc/profile.d/dynmotd.sh
VScodeのpathの設定について
参考文献
デスクの配線管理
配線管理
論文執筆チェックリスト基本編
LaTeXでの論文執筆時の注意点や，論文投稿時の流れなどをまとめておく．まず全般的な注意として，出版社のHPに著者用の注意点などをまとめたページがあるのでそこを参照して，出版社ごとのLaTeXテンプレートや慣習に従う必要がある．
2022
速度を気にしない場合のgromacsの簡単なインストール手順
gromacs
シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．
シェルスクリプトをバックグラウンド実行した場合のpwdコマンド
行列の対角化の基礎
行列の対角化の基礎
シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．
シェルスクリプトをバックグラウンド実行した場合のpwdコマンド
CPMD.xでのリスタート計算のやり方
CPMD.xのリスタート計算
lmodのmodulefileの書き方入門
サーバーの環境：Fedora 36
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
Si結晶（ダイヤモンド構造）
Quantum Espressoでibravの指定によって原子の結晶座標が異なる場合
何年かQuantum Espressoを使ってきて，初めて超基礎的なところで詰まったのでその件に関するメモ．簡単に言うと ibravを0に変更すると，crystalで指定した原子座標は書き直さないといけない（場合がある） ということです．
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
サーバーに新しく追加したマシンでintel mpiに関するエラーが発生したのでその対処法をまとめておく．
リモートマシンのgnuplotでX11が動かない場合の対処法
サーバーの環境：Fedora 36
github-pagesを使ったブログの作り方 part4
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方 part3
このブログの作り方(工事中)
管理者権限のないLinuxマシンにzshをインストールする
管理者権限のある場合のシェルのインストール，変更方法
プログラミング用フォントRictyを試す
Rictyのインストール via homebrew
github-pagesを使ったブログの作り方 part2
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方 part3
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方 part2
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方
このブログの作り方(工事中)