ジョブ管理システムでconda/pyenvなどのpython仮想環境を利用する方法
slurmなどのジョブ管理システムでpythonの仮想環境を読み込む方法について,condaとvenvの場合についてまとめた.今までログインシェルで仮想環境を起動した状態でジョブを投入していたのだが,やはりジョブスクリプトですべて完結しているのが望ましいと思う.
condaの場合
condaを利用するには,もしanacondaを利用しているなら.bash_profile
に記載するようにconda.sh
を読み込む必要がある.通常のshell利用時にはあまり意識しないので注意が必要.
. ${HOME}/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate your_env
# テスト
# conda env list
venvの場合
venvの場合は通常のshellと同様の操作で大丈夫.
VENV_DIR="/path/to/env/"
python -m venv ${VENV_DIR}
source ${VENV_DIR}/bin/activate