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個人のメモ書き用サイトです．内容が間違っている場合があります．現在大半の内容が加筆修正中です．

技術メモ

Recent Posts

【随時更新】東大客員研究員生活

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東大の客員研究員としての各種の手続きを簡単な備忘録としてまとめるための記事．何かあれば随時追加していく．

【calibre】kindle電子書籍のDRM解除方法

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Calibreを利用したamazon kindle本のDeDRM方法について，今までcalibre4を利用していたのをアップデートして，2025/4時点で最新のバージョンを使って環境を作り直したので方法のメモ．

latexにてchapterごとにreferenceを出すbibunitsの使い方

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書籍のような長い文章をLaTeXで書く際に，参考文献をchapterごとに出力したい場合に使える方法について紹介する．overleafの記事がよくまとまっているのでまずはそちらを参照されたい．

LaTeXでgit更新の差分をハイライトする(latexdiff-vc)

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LaTeX の原稿を修正したときに，修正内容の差分を分かりやすく PDF にして確認したい場合がある．これは差分を自分で確認したい場合はもちろん，共著者のレビュー時やレフェリーへの返答にこの赤字の版を含めるとわかりやすさが大きく向上するという点も大きい．追加した部分を手で\textcolor{red}{text}...

RTX 830 IPv6 IPoE プロバイダ設定

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家の回線をフレッツ光クロスにしたので，その時のルーターの設定を書いておく．一次ソースとしてYAMAHAが出しているドキュメントが充実しているのでその通りにやればよいのだが，慣れてないとわかりにくい部分もあるので自分の記録を兼ねて．

Pythonのlogging

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自作のpythonライブラリでどのようにロギングすれば良いか勉強したのでそのまとめ．

LaTeXで原稿を最後にflatternできるような構造を考える

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LaTeX で論文原稿を作る際はファイルを分割してディレクトリも階層化して作成したいが，最後arXiv やジャーナルに投稿するときはソースファイルを一つにまとめ，図表も同じ階層に置かないといけない．ここのワークフローをなんとか楽にする方法を検討するのがこの記事の目的である．答えや最適解があるわけではなく，現時点で...

DELL 5K2Kウルトラワイドモニター U4025QW

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今までmacのマシンを27インチモニター3枚で利用していたが，デスクをL字にするのに合わせて新しいモニターを購入した．今回特にウルトラワイドモニターを試そうということで，DELLの40インチ5K2KモニターU4025QWを購入し，半年程度使ってきたので一回レビューを残す．

MagFlott VESA Mount：ipadをvesaマウントに接続する

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今までmacのマシンを27インチモニター3枚で利用していたが，デスクをL字にするのに合わせて新しいモニターを購入した．今回特にウルトラワイドモニターを試そうということで，DELLの40インチ5K2KモニターU4025QWを購入し，半年程度使ってきたので一回レビューを残す．

acronymパッケージを用いたLaTeXにおける略語管理

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LaTeXのacronymパッケージを使用して略語を管理する方法を説明。初出時にフルスペルと略語を併記し、以降は略語のみを使用。略語リストの自動生成や複数形呼び出し機能もあり、長文での再表示も可能．

slurmにおけるstep jobの実行方法

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SlurmのステップジョブはジョブAの完了をトリガーにジョブBを実行する方法で，sbatch -d singletonオプションを使用して実現する．これにより依存関係を持つジョブを効率的に管理できる．

論文投稿時のLaTeXテンプレートリンク集

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論文を書く時，投稿先のテンプレートに合わせてLaTeX原稿を作るのが通常のやり方だと思う．そこで，投稿したことのある，または今後投稿する可能性がある雑誌のテンプレートへのリンクページをまとめ，今後の参考にする．ちなみにこれらのテンプレートは優れたものが多いので，自分でノートを作る時にも便利だと思う．

LaTexにおけるNose Hooverサーモスタット

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論文を書いていて知った小ネタ．Nose HooverサーモスタットのNoseには，厳密にはeの上にプライムがついたNosé–Hooverが正しい．LaTexでこれを表示するには，

LinuxサーバーにおけるIPアドレスの確認方法

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サーバーを管理していてネットワーク周りの問題が発生した場合には初期的なチェックとしてIPアドレスの確認を行うことがある．今回はIPの確認に使えるコマンドをいくつかピックアップした．

Deepmd installation with AMD ZEN on Linux

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今回はAMD CPU用に最適化されたTensorflowと，それを用いたdeepmdのinstallを行う．この場合は当然ながらcondaなどのパッケージマネージャは利用できず，全て手で入れる必要がある．

latexで外部ファイルから表を作成する方法

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latexで外部ファイルから表を作成する方法を紹介する．グラフの場合，tikzやpgfplotでは外部ファイルからデータを読み込むことが可能だが，表（table）の場合には意外とわからない．

デスクのマイクとカメラのセッティング

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今までデスクに直置きしていてずっと邪魔だと感じていたマイクとカメラをデスクの奥にクランプで設置した．27インチのトリプルディスプレイ環境でどういう商品を選べばよいか少し難儀したので，一例として紹介しようと思う．この環境の問題は，デスク前面がディスプレイに覆われているのでマイクやカメラを設置するスペースが限られてい...

aspell+emacsでTeX文書の英語スペルチェック

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以前にaspellを利用したTeX文書のスペルチェックの方法についての記事を書いたが，今回はそのスペルチェックをemacs上から実行する方法についてまとめる．方法はいくつかあるが，基本的な精神はemacsから外部のaspellなどのスペルチェックプログラムを参照してくれるというもので，emacs自体になにかスペル...

ジョブ管理システムでconda/pyenvなどのpython仮想環境を利用する方法

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slurmなどのジョブ管理システムでpythonの仮想環境を読み込む方法について，condaとvenvの場合についてまとめた．今までログインシェルで仮想環境を起動した状態でジョブを投入していたのだが，やはりジョブスクリプトですべて完結しているのが望ましいと思う．

matplotlibの散布図やヒストグラムで，legendを見やすくする方法

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matplotlibで散布図やヒストグラムなどを作成していると，みやすさの観点で図中の点は透明度や点の大きさをいじりたい場合が出てくる．しかしながら，点を非常に小さくした場合，凡例の点まで一緒に小さくなってしまい，これでは見にくい，ということがある．そこで凡例のいじり方を調べたので今日はそれを紹介する．

pgfplotでの散布図

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pgfplotでの散布図の書き方の備忘録．ただし，試してみたところ点の数が増えてくるとタイプセットに極端に時間がかかる上，メモリの問題で動かなくなることもあるので，点が多い場合には他のツールを使った方が良い．データ点があまり多くない場合には有用なツールだ．

texのダミーテキスト，lipsum

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texでのダミーテキストにはlipsumパッケージが利用できる．これはよく用いられるダミーテキストLorem ipsumを出力できるもの．

旅行や出張のためのアイテム

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今年は結構出張が復活してきたので，自分の頭の整理をかねて旅行用のアイテムの整理をやっておく．登山が趣味なこともあり，そっちから色々流用している．個別の製品のレビューも気に入っているものについてはそのうちやりたい．

aspellでTeX文書のスペルチェック

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TeX文書のスペルチェックにはいくつかの方法がある．ひとつが今日紹介するコマンドラインからispellやaspellを用いる方法，そしてもう一つがflyspellに代表されるようにエディターでオンザフライでやる方法だ．後者の方法もスペルチェックのエンジンとしてはispell/aspellを利用していることが多い．...

vscodeでC++及びcmakeを使った開発環境を整備する

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vscodeでC++のコーディングを行うためにやっておくと便利な環境整備について紹介する．現代的なエディターに期待する機能としてはシンタックスハイライティング，コンパイル，デバックが挙げられ，vscodeは拡張機能を使っていずれも利用可能だ．今日の記事では以下の点を紹介する．

nglviewで得た構造の画像を保存する

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python+jupyter notebookで使える強力な原子構造の描画ツールnglviewを使っていて，えられた画像を保存したいということがあった．この場合に使える手法について調べた．

youtube-dlでzoomの動画をダウンロードする

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cliの動画ダウンロードツールyoutube-dlは種々のサイトの動画DLに使えて重宝するが，今回はzoomの動画をDLする方法について調べたのでまとめる．開発者ツールを使って必要な情報を取得するというよくあるテクニックを用いることで簡単にできる．動画にパスワードがかかっていても問題ない．

m1 macのpytorchでGPUを利用する

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pytorchはバージョン2.0でApple siliconのGPUに対応した．macのOSがMacOS 12.3以上である必要がある．今回は実際にGPUでの学習を試す．

pytorchをC++から使う（libtorch）：環境設定

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pythonで機械学習を行うpytorchやtensorflowは，C++からも利用できる．今回はpytorchに的を絞ってC++で使うための環境構築を行う．pythonの場合はcondaで簡単にインストールできるが，C++版は少し大変だったのでその辺をメモしておきたい．今回の設定はm1 mac，intel ma...

jupyterで作った図表を管理する方法を考える

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最近pythonでコードを書くことが増えた．特にメインの計算はc++で実行し，その解析をjupyterでやるようなことが多い．jupyterは簡単に可視化できることや試行錯誤しやすいのが強みで計算結果の解析にはもってこいだと感じている．一方でgitで管理しにくいのがいちばんの問題だ．加えて試行錯誤がしやすいがゆえ...

デスクのセッティング

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最近Eizoから新しくでたディスプレイEV 2740Xを購入し，自宅のデスクがトリプルディスプレイ環境になった．こうなると自宅の方が作業が捗るということで，世間と逆行して引きこもり傾向が強まっている．この流れで最近デスク環境の整備を行ったので，一旦今までのところをまとめておくことにした．モニターが三枚あるとスペー...

pythonのmatplotlibでグラフを作るいくつかのサンプル

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最近機械学習を扱うようになって，pythonを使ってデータ処理を行うことが増えてきました．今まではグラフを作成する際に，latexのpgfplotかgnuplotを使うことが多かったのですが，pythonだとmatplotlibを使ってそこそこ高品位なグラフを作ることができるということで，身内の発表程度だったら良...

pythonでmdtrajからaseへ変換する方法

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pythonで分子動力学法のトラジェクトリを扱うさい，よく知られたパッケージとしてmdtrajとaseがある．今回はmdtrajで得た構造をaseに変換する必要があったので，やり方について自分用にメモしておく．

論文執筆チェックリスト基本編

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LaTeXでの論文執筆時の注意点や，論文投稿時の流れなどをまとめておく．まず全般的な注意として，出版社のHPに著者用の注意点などをまとめたページがあるのでそこを参照して，出版社ごとのLaTeXテンプレートや慣習に従う必要がある．