latexで外部ファイルから表を作成する方法
latexで外部ファイルから表を作成する方法を紹介する．グラフの場合，tikzやpgfplotでは外部ファイルからデータを読み込むことが可能だが，表（table）の場合には意外とわからない．
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bash
パスポート更新手順の備忘録
パスポートを更新してきたので，手続きの個人的備忘録．
aspell+emacsでTeX文書の英語スペルチェック
以前にaspellを利用したTeX文書のスペルチェックの方法についての記事を書いたが，今回はそのスペルチェックをemacs上から実行する方法についてまとめる．方法はいくつかあるが，基本的な精神はemacsから外部のaspellなどのスペルチェックプログラムを参照してくれるというもので，emacs自体になにかスペル...
ジョブ管理システムでconda/pyenvなどのpython仮想環境を利用する方法
slurmなどのジョブ管理システムでpythonの仮想環境を読み込む方法について，condaとvenvの場合についてまとめた．今までログインシェルで仮想環境を起動した状態でジョブを投入していたのだが，やはりジョブスクリプトですべて完結しているのが望ましいと思う．
matplotlibの散布図やヒストグラムで，legendを見やすくする方法
matplotlibで散布図やヒストグラムなどを作成していると，みやすさの観点で図中の点は透明度や点の大きさをいじりたい場合が出てくる．しかしながら，点を非常に小さくした場合，凡例の点まで一緒に小さくなってしまい，これでは見にくい，ということがある．そこで凡例のいじり方を調べたので今日はそれを紹介する．
tex pgfplotsでの凡例の指定方法について簡単に紹介
pgfplotsで凡例の設定を行う際に個人的頻出の項目を簡単に紹介する．より詳しい説明は公式ドキュメントも参照のこと．
pgfplotでの散布図
pgfplotでの散布図の書き方の備忘録．ただし，試してみたところ点の数が増えてくるとタイプセットに極端に時間がかかる上，メモリの問題で動かなくなることもあるので，点が多い場合には他のツールを使った方が良い．データ点があまり多くない場合には有用なツールだ．
texのダミーテキスト，lipsum
texでのダミーテキストにはlipsumパッケージが利用できる．これはよく用いられるダミーテキストLorem ipsumを出力できるもの．
旅行や出張のためのアイテム
今年は結構出張が復活してきたので，自分の頭の整理をかねて旅行用のアイテムの整理をやっておく．登山が趣味なこともあり，そっちから色々流用している．個別の製品のレビューも気に入っているものについてはそのうちやりたい．
aspellでTeX文書のスペルチェック
TeX文書のスペルチェックにはいくつかの方法がある．ひとつが今日紹介するコマンドラインからispellやaspellを用いる方法，そしてもう一つがflyspellに代表されるようにエディターでオンザフライでやる方法だ．後者の方法もスペルチェックのエンジンとしてはispell/aspellを利用していることが多い．...
matplotlibで作ったグラフをtikz(tex)で出力する
matplotlibで作成したグラフを，tikzファイルに変換することができるtikzplotlibライブラリの使い方．pypiのページはこちら．
vscodeでC++及びcmakeを使った開発環境を整備する
vscodeでC++のコーディングを行うためにやっておくと便利な環境整備について紹介する．現代的なエディターに期待する機能としてはシンタックスハイライティング，コンパイル，デバックが挙げられ，vscodeは拡張機能を使っていずれも利用可能だ．今日の記事では以下の点を紹介する．
nglviewで得た構造の画像を保存する
python+jupyter notebookで使える強力な原子構造の描画ツールnglviewを使っていて，えられた画像を保存したいということがあった．この場合に使える手法について調べた．
youtube-dlでzoomの動画をダウンロードする
cliの動画ダウンロードツールyoutube-dlは種々のサイトの動画DLに使えて重宝するが，今回はzoomの動画をDLする方法について調べたのでまとめる．開発者ツールを使って必要な情報を取得するというよくあるテクニックを用いることで簡単にできる．動画にパスワードがかかっていても問題ない．
速度を気にしない場合のgromacsの簡単なインストール手順
gromacs
シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．
シェルスクリプトをバックグラウンド実行した場合のpwdコマンド
行列の対角化の基礎
行列の対角化の基礎
シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．
シェルスクリプトをバックグラウンド実行した場合のpwdコマンド
linux
slurmにおけるstep jobの実行方法
SlurmのステップジョブはジョブAの完了をトリガーにジョブBを実行する方法で，sbatch -d singletonオプションを使用して実現する．これにより依存関係を持つジョブを効率的に管理できる．
rsyncを使ったファイル転送
rsyncを使ったファイルの転送について簡単に使い方をまとめる．
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シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．
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行列の対角化の基礎
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CPMD.xでのリスタート計算のやり方
CPMD.xのリスタート計算
lmodのmodulefileの書き方入門
サーバーの環境：Fedora 36
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
Si結晶（ダイヤモンド構造）
Quantum Espressoでibravの指定によって原子の結晶座標が異なる場合
何年かQuantum Espressoを使ってきて，初めて超基礎的なところで詰まったのでその件に関するメモ．簡単に言うと ibravを0に変更すると，crystalで指定した原子座標は書き直さないといけない（場合がある） ということです．
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
サーバーに新しく追加したマシンでintel mpiに関するエラーが発生したのでその対処法をまとめておく．
リモートマシンのgnuplotでX11が動かない場合の対処法
サーバーの環境：Fedora 36
管理者権限のないLinuxマシンにzshをインストールする
管理者権限のある場合のシェルのインストール，変更方法
emacs
latexで外部ファイルから表を作成する方法
latexで外部ファイルから表を作成する方法を紹介する．グラフの場合，tikzやpgfplotでは外部ファイルからデータを読み込むことが可能だが，表（table）の場合には意外とわからない．
パスポート更新手順の備忘録
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TeX文書のスペルチェックにはいくつかの方法がある．ひとつが今日紹介するコマンドラインからispellやaspellを用いる方法，そしてもう一つがflyspellに代表されるようにエディターでオンザフライでやる方法だ．後者の方法もスペルチェックのエンジンとしてはispell/aspellを利用していることが多い．...
latex
latexにてchapterごとにreferenceを出すbibunitsの使い方
書籍のような長い文章をLaTeXで書く際に，参考文献をchapterごとに出力したい場合に使える方法について紹介する．overleafの記事がよくまとまっているのでまずはそちらを参照されたい．
LaTeXでgit更新の差分をハイライトする(latexdiff-vc)
LaTeX の原稿を修正したときに，修正内容の差分を分かりやすく PDF にして確認したい場合がある．これは差分を自分で確認したい場合はもちろん，共著者のレビュー時やレフェリーへの返答にこの赤字の版を含めるとわかりやすさが大きく向上するという点も大きい．追加した部分を手で\textcolor{red}{text}...
latexでよく利用するパッケージ
論文や文書を作成するときに便利な頻出パッケージ群をまとめる．（都度更新予定）
LaTeXで原稿を最後にflatternできるような構造を考える
LaTeX で論文原稿を作る際はファイルを分割してディレクトリも階層化して作成したいが，最後arXiv やジャーナルに投稿するときはソースファイルを一つにまとめ，図表も同じ階層に置かないといけない．ここのワークフローをなんとか楽にする方法を検討するのがこの記事の目的である．答えや最適解があるわけではなく，現時点で...
cleverefによる図表の管理(latex)
LaTeXにおける図/表/式等の引用
acronymパッケージを用いたLaTeXにおける略語管理
LaTeXのacronymパッケージを使用して略語を管理する方法を説明。初出時にフルスペルと略語を併記し、以降は略語のみを使用。略語リストの自動生成や複数形呼び出し機能もあり、長文での再表示も可能．
論文投稿時のLaTeXテンプレートリンク集
論文を書く時，投稿先のテンプレートに合わせてLaTeX原稿を作るのが通常のやり方だと思う．そこで，投稿したことのある，または今後投稿する可能性がある雑誌のテンプレートへのリンクページをまとめ，今後の参考にする．ちなみにこれらのテンプレートは優れたものが多いので，自分でノートを作る時にも便利だと思う．
jekyll
github-pagesを使ったブログの作り方 part4
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方 part3
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方 part2
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方
このブログの作り方(工事中)
github-pagesを使ったブログの作り方
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update
github-pagesを使ったブログの作り方 part4
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github-pagesを使ったブログの作り方
このブログの作り方(工事中)
ssh
論文のcover letterとresponse to referee commentsをLaTeXで書く
論文のcover letterとresponse to referee comments
lmodのmodulefileの書き方入門
サーバーの環境：Fedora 36
リモートマシンのgnuplotでX11が動かない場合の対処法
サーバーの環境：Fedora 36
intel
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
Si結晶（ダイヤモンド構造）
Quantum Espressoでibravの指定によって原子の結晶座標が異なる場合
何年かQuantum Espressoを使ってきて，初めて超基礎的なところで詰まったのでその件に関するメモ．簡単に言うと ibravを0に変更すると，crystalで指定した原子座標は書き直さないといけない（場合がある） ということです．
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
サーバーに新しく追加したマシンでintel mpiに関するエラーが発生したのでその対処法をまとめておく．
mpi
intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法
Si結晶（ダイヤモンド構造）
Quantum Espressoでibravの指定によって原子の結晶座標が異なる場合
何年かQuantum Espressoを使ってきて，初めて超基礎的なところで詰まったのでその件に関するメモ．簡単に言うと ibravを0に変更すると，crystalで指定した原子座標は書き直さないといけない（場合がある） ということです．
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python
Pythonのlogging
自作のpythonライブラリでどのようにロギングすれば良いか勉強したのでそのまとめ．
Apple Silicon機へのGPU対応PyTorch/TensorFlowのインストール
Apple Silocon機でPytorchおよびTensorFlowをGPU対応させてインストールする方法について．TensorFlowは追加のプラグインをインストールする必要があり，一方PyTorchはその必要はない．
m1 macのpytorchでGPUを利用する
pytorchはバージョン2.0でApple siliconのGPUに対応した．macのOSがMacOS 12.3以上である必要がある．今回は実際にGPUでの学習を試す．
apple
【calibre】kindle電子書籍のDRM解除方法
Calibreを利用したamazon kindle本のDeDRM方法について，今までcalibre4を利用していたのをアップデートして，2025/4時点で最新のバージョンを使って環境を作り直したので方法のメモ．
Apple Silicon機へのGPU対応PyTorch/TensorFlowのインストール
Apple Silocon機でPytorchおよびTensorFlowをGPU対応させてインストールする方法について．TensorFlowは追加のプラグインをインストールする必要があり，一方PyTorchはその必要はない．
MagFlott VESA Mount：ipadをvesaマウントに接続する
今までmacのマシンを27インチモニター3枚で利用していたが，デスクをL字にするのに合わせて新しいモニターを購入した．今回特にウルトラワイドモニターを試そうということで，DELLの40インチ5K2KモニターU4025QWを購入し，半年程度使ってきたので一回レビューを残す．
X11
lmodのmodulefileの書き方入門
サーバーの環境：Fedora 36
リモートマシンのgnuplotでX11が動かない場合の対処法
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pytorch
Apple Silicon機へのGPU対応PyTorch/TensorFlowのインストール
Apple Silocon機でPytorchおよびTensorFlowをGPU対応させてインストールする方法について．TensorFlowは追加のプラグインをインストールする必要があり，一方PyTorchはその必要はない．
m1 macのpytorchでGPUを利用する
pytorchはバージョン2.0でApple siliconのGPUに対応した．macのOSがMacOS 12.3以上である必要がある．今回は実際にGPUでの学習を試す．
git
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LaTeX の原稿を修正したときに，修正内容の差分を分かりやすく PDF にして確認したい場合がある．これは差分を自分で確認したい場合はもちろん，共著者のレビュー時やレフェリーへの返答にこの赤字の版を含めるとわかりやすさが大きく向上するという点も大きい．追加した部分を手で\textcolor{red}{text}...
github
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zsh
管理者権限のないLinuxマシンにzshをインストールする
管理者権限のある場合のシェルのインストール，変更方法
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管理者権限のないLinuxマシンにzshをインストールする
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CPMD
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ML
m1 macのpytorchでGPUを利用する
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slurm
slurmにおけるstep jobの実行方法
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ipad
MagFlott VESA Mount：ipadをvesaマウントに接続する
今までmacのマシンを27インチモニター3枚で利用していたが，デスクをL字にするのに合わせて新しいモニターを購入した．今回特にウルトラワイドモニターを試そうということで，DELLの40インチ5K2KモニターU4025QWを購入し，半年程度使ってきたので一回レビューを残す．
mionitor
DELL 5K2Kウルトラワイドモニター U4025QW
今までmacのマシンを27インチモニター3枚で利用していたが，デスクをL字にするのに合わせて新しいモニターを購入した．今回特にウルトラワイドモニターを試そうということで，DELLの40インチ5K2KモニターU4025QWを購入し，半年程度使ってきたので一回レビューを残す．
network
RTX 830 IPv6 IPoE プロバイダ設定
家の回線をフレッツ光クロスにしたので，その時のルーターの設定を書いておく．一次ソースとしてYAMAHAが出しているドキュメントが充実しているのでその通りにやればよいのだが，慣れてないとわかりにくい部分もあるので自分の記録を兼ねて．
mac
【calibre】kindle電子書籍のDRM解除方法
Calibreを利用したamazon kindle本のDeDRM方法について，今までcalibre4を利用していたのをアップデートして，2025/4時点で最新のバージョンを使って環境を作り直したので方法のメモ．
kingle
【calibre】kindle電子書籍のDRM解除方法
Calibreを利用したamazon kindle本のDeDRM方法について，今までcalibre4を利用していたのをアップデートして，2025/4時点で最新のバージョンを使って環境を作り直したので方法のメモ．
university
【随時更新】東大客員研究員生活
東大の客員研究員としての各種の手続きを簡単な備忘録としてまとめるための記事．何かあれば随時追加していく．