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latexで外部ファイルから表を作成する方法

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latexで外部ファイルから表を作成する方法を紹介する．グラフの場合，tikzやpgfplotでは外部ファイルからデータを読み込むことが可能だが，表（table）の場合には意外とわからない．

パスポート更新手順の備忘録

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パスポートを更新してきたので，手続きの個人的備忘録．

aspell+emacsでTeX文書の英語スペルチェック

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以前にaspellを利用したTeX文書のスペルチェックの方法についての記事を書いたが，今回はそのスペルチェックをemacs上から実行する方法についてまとめる．方法はいくつかあるが，基本的な精神はemacsから外部のaspellなどのスペルチェックプログラムを参照してくれるというもので，emacs自体になにかスペル...

ジョブ管理システムでconda/pyenvなどのpython仮想環境を利用する方法

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slurmなどのジョブ管理システムでpythonの仮想環境を読み込む方法について，condaとvenvの場合についてまとめた．今までログインシェルで仮想環境を起動した状態でジョブを投入していたのだが，やはりジョブスクリプトですべて完結しているのが望ましいと思う．

matplotlibの散布図やヒストグラムで，legendを見やすくする方法

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matplotlibで散布図やヒストグラムなどを作成していると，みやすさの観点で図中の点は透明度や点の大きさをいじりたい場合が出てくる．しかしながら，点を非常に小さくした場合，凡例の点まで一緒に小さくなってしまい，これでは見にくい，ということがある．そこで凡例のいじり方を調べたので今日はそれを紹介する．

tex pgfplotsでの凡例の指定方法について簡単に紹介

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pgfplotsで凡例の設定を行う際に個人的頻出の項目を簡単に紹介する．より詳しい説明は公式ドキュメントも参照のこと．

pgfplotでの散布図

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pgfplotでの散布図の書き方の備忘録．ただし，試してみたところ点の数が増えてくるとタイプセットに極端に時間がかかる上，メモリの問題で動かなくなることもあるので，点が多い場合には他のツールを使った方が良い．データ点があまり多くない場合には有用なツールだ．

texのダミーテキスト，lipsum

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texでのダミーテキストにはlipsumパッケージが利用できる．これはよく用いられるダミーテキストLorem ipsumを出力できるもの．

旅行や出張のためのアイテム

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今年は結構出張が復活してきたので，自分の頭の整理をかねて旅行用のアイテムの整理をやっておく．登山が趣味なこともあり，そっちから色々流用している．個別の製品のレビューも気に入っているものについてはそのうちやりたい．

aspellでTeX文書のスペルチェック

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TeX文書のスペルチェックにはいくつかの方法がある．ひとつが今日紹介するコマンドラインからispellやaspellを用いる方法，そしてもう一つがflyspellに代表されるようにエディターでオンザフライでやる方法だ．後者の方法もスペルチェックのエンジンとしてはispell/aspellを利用していることが多い．...

matplotlibで作ったグラフをtikz(tex)で出力する

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matplotlibで作成したグラフを，tikzファイルに変換することができるtikzplotlibライブラリの使い方．pypiのページはこちら．

vscodeでC++及びcmakeを使った開発環境を整備する

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vscodeでC++のコーディングを行うためにやっておくと便利な環境整備について紹介する．現代的なエディターに期待する機能としてはシンタックスハイライティング，コンパイル，デバックが挙げられ，vscodeは拡張機能を使っていずれも利用可能だ．今日の記事では以下の点を紹介する．

nglviewで得た構造の画像を保存する

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python+jupyter notebookで使える強力な原子構造の描画ツールnglviewを使っていて，えられた画像を保存したいということがあった．この場合に使える手法について調べた．

youtube-dlでzoomの動画をダウンロードする

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cliの動画ダウンロードツールyoutube-dlは種々のサイトの動画DLに使えて重宝するが，今回はzoomの動画をDLする方法について調べたのでまとめる．開発者ツールを使って必要な情報を取得するというよくあるテクニックを用いることで簡単にできる．動画にパスワードがかかっていても問題ない．

m1 macのpytorchでGPUを利用する

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pytorchはバージョン2.0でApple siliconのGPUに対応した．macのOSがMacOS 12.3以上である必要がある．今回は実際にGPUでの学習を試す．

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linux

slurmにおけるstep jobの実行方法

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SlurmのステップジョブはジョブAの完了をトリガーにジョブBを実行する方法で，sbatch -d singletonオプションを使用して実現する．これにより依存関係を持つジョブを効率的に管理できる．

lmodのmodulefileの書き方入門

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サーバーの環境：Fedora 36

intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法

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Si結晶（ダイヤモンド構造）

Quantum Espressoでibravの指定によって原子の結晶座標が異なる場合

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何年かQuantum Espressoを使ってきて，初めて超基礎的なところで詰まったのでその件に関するメモ．簡単に言うと ibravを0に変更すると，crystalで指定した原子座標は書き直さないといけない（場合がある）ということです．

intel mpirunがOFI EP enable failedで止まる時の対処療法

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サーバーに新しく追加したマシンでintel mpiに関するエラーが発生したのでその対処法をまとめておく．

リモートマシンのgnuplotでX11が動かない場合の対処法

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サーバーの環境：Fedora 36

管理者権限のないLinuxマシンにzshをインストールする

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管理者権限のある場合のシェルのインストール，変更方法

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bash

速度を気にしない場合のgromacsの簡単なインストール手順

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gromacs

シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．

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シェルスクリプトをバックグラウンド実行した場合のpwdコマンド

シェルスクリプトで現在のディレクトリを取得する．

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python

pythonのmatplotlibでグラフを作るいくつかのサンプル

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最近機械学習を扱うようになって，pythonを使ってデータ処理を行うことが増えてきました．今まではグラフを作成する際に，latexのpgfplotかgnuplotを使うことが多かったのですが，pythonだとmatplotlibを使ってそこそこ高品位なグラフを作ることができるということで，身内の発表程度だったら良...